El problema estaba en la primera linea del fichero rc.

Yo la tenía de la siguiente forma:

1 Manifest "Bitmaps\WindowsXP.manifest"

al quitarla se ha corregido el problema.

Hola, me alegro que fuese solo eso. En el directorio Include\Res hay dos archivos manifiesto, están en las carpetas x32 y x64 porque no son iguales. Hay que usar el correcto para cada arquitectura. Si incluyes el archivo "clases.rc" lo carga automáticamente, pero debes apuntar el path al directorio adecuado al llamar al compilador de recursos. Fíjate cómo cambia ese path en el ejemplo del makefile que puse.

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Un saludo,
Bruno Cantero
www.c3compiler.com

Muchas gracias Bruno, ya está arreglado